Die Wildtiersammlungen des MUSE umfassen mehr als 15.000 Exponate aus den Klassen der Amphibien, Reptilien, Vögel und Säugetiere. Besonders hervorzuheben sind die Sammlungen der Kleinsäuger mit 6.000 Insektenfressern und Nagetieren sowie der afrikanischen Amphibien und Reptilien mit ca. 4.500 Exemplaren. Mit Ausnahme des afrikanischen Materials sind die Sammlungen eng mit der Region verbunden und stellen eine wichtige Dokumentation der zoologischen Vielfalt des Trentino und ihrer Veränderungen im Laufe der Zeit dar.