18 Sammlungen, 9.500 Belege, Sammelzeitraum: seit Anfang des 19. Jahrhunderts
Die Sammlungen Limnologie und Algologie umfassen mehr als 9.000 Exponate; mehr als zwei Drittel davon sind Mikroorganismen wie Kieselalgen, Cyanobakterien, Zoobenthos und Zooplankton, die im Rahmen der zahlreichen Forschungsprojekte des MUSE seit den 1990er Jahren vor allem in den Alpen und im Trentino gesammelt wurden. Neben diesen relativ neuen Sammlungen gibt es auch vier historische Algensammlungen mit exsikkierten Meeres- und Süßwasseralgen, die hauptsächlich im 19. Jahrhundert an verschiedenen Orten der Welt gesammelt wurden.